José Francisco de San Martín y Matorras nació el 25 de febrero de 1778 en el pueblo de Yapeyú, situado a orillas del caudaloso río Uruguay, que dependía del Virreinato del Río de la Plata.

Hijo de Juan de San Martín, nacido en España, y que fue teniente gobernador del departamento. Su madre, Gregoria Matorras, también española, era sobrina de un conquistador del Chaco. Fue el menor de cinco hermanos: María Elena (1771), Manuel Tadeo (1772) y Juan Fermín (1774), nacidos en la Real Calera de las Vacas, jurisdicción de la parroquia de Las Víboras, y Justo Rufìno (1776), nacido en Yapeyú como su hermano José Francisco. Entre 1781 y 1784, la familia residió en Buenos Aires.

Cuando contaba 16 años viaja a España debido a que su padre fue destinado allí. Ingresó al Seminario de Nobles de Madrid y en 1789 comienza su carrera militar en el regimiento de Murcia. Participó en la campaña de África combatiendo en Melilla y Orán. En 1797 es ascendido a subteniente por sus acciones frente a los franceses en los Pirineos.

En Cádiz se vinculó con el grupo de americanos que conspiraba en favor de la independencia de Hispanoamérica. Al regreso a su país a los treinta y tres años de edad, le fue reconocido el grado de teniente coronel y el Triunvirato le encomendó la creación de un escuadrón, que luego fue el célebre Regimiento de Granaderos a Caballo.